突如世界を襲った未曾有の大災害“セカンド・インパクト”。この影響で人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。やっと平穏な日々が戻ったと思われたとき――14 歳の少年・碇シンジは父親から第3新東京市へ呼び出されて、出迎えを待っていた。
その眼前の山あいから、巨大な生物が出現！ それは「使徒」と呼ばれる正体不明の存在で、たちまち国連軍と激しい交戦を開始した。爆風に巻きこまれ、危機に陥るシンジ。その生命を救ったのは、葛城ミサトと名乗る女性だった。
ミサトの車で特務機関NERV（ネルフ）の本部へと連れていかれ、シンジは父と3年ぶりの再会をはたした。だが、シンジは父の碇ゲンドウから極秘裏に開発された巨大な人型兵器を見せられ、使徒との戦いを強要された。それがシンジと人造人間エヴァンゲリオン初号機との出逢いであった。
反発を覚えたシンジではあったが、女性パイロット綾波レイの重傷を目のあたりにして、逃げることを否定し、ついに自ら出撃を決意する。何の訓練も受けないままに、初めて使徒と対峙するEVA 初号機のシンジ。
世界の命運を託された14 歳の少年シンジは、はたしてどう戦うのか？ そして、セカンド・インパクトに隠されたキーワード
「人類補完計画」の真実とは？すべての謎の鍵を握る碇ゲンドウは、シンジの苦闘をじっと見つめている……。（ニコニコ生放送「イントロダクション」引用）
あらすじ・雑感
1995年にテレビアニメ「超世紀エバンゲリオン」がテレビ東京で放映されたときは、夕方の時間にしては刺激的だったため、視聴率が上がらなかった。（最低視聴率、第14話0.9%）しかし深夜に再放送をすると、オタクたちの注目を集め（これがアニメが深夜枠に進出する契機となる）、1997年に「シト新生」「Air/まごころを、君に」の二作品がアニメ映画化され、大ヒットする。さらに1998年、再編集して160分映画とした「DEATH (TRUE)2 / Air / まごころを、君に」が上映される。
阪神淡路大震災後のサブカルに大きな影響を与えた作品だったが、2000年に入ってより完全な作品を目指して単純なリメイクならぬアップグレードを伴ったリビルドが持ち上がった。まず2007年、TV版第1話から第6話を元に再構築したというアニメ映画「ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序」が上映される。
人間関係としては、ここではまだ式波ラングレーは現れず、シンジとレイの関係が中心に描かれている。
使徒としては第4から第6まで現れる。
第4使徒（TV版の第3使徒サキエル）を前に入隊即参戦を命じられたシンジは初号機に初搭乗したので何も出来ずフルボッコになった。そのとき初号機の本体であるシンジのママが暴走してサキエルを血祭りに上げた。
第5使徒（TV版の第4使徒シャムシエル）に対して初号機とシンジは一度攻撃を失敗して撤退命令が出されるが、シンジは命令違反を犯しナイフを敵コアに突き立てて倒す。
第6使徒（TV版の第5使徒ラミエル）に対して決行されたヤシマ作戦は一度失敗してシンジは二度目の出撃を嫌がる。ミサトはそんなシンジにリリスを見せ、NERV全員は失敗したら死ぬ気で戦っていると言って、シンジを納得させる。二度目の対戦で陽電子砲を照射するが、一発目はコア中心に命中しなかった。すると零号機のレイが身を挺して第6使徒の攻撃を防ぎ、シンジは第2の陽電子砲で敵を殲滅する。
とまあ、大筋ではTV版とまだほとんど変わらない。シンジが駄々っ子で責任を逃れようとするが、その度に何かを学び成長していく。
スタッフ・キャスト
総監督・原作・脚本 庵野秀明
監督 摩砂雪 、 鶴巻和哉
演出 原口浩
総作画監督 鈴木俊二
作画監督 松原秀典 、 黄瀬和哉
メカニック作画監督 本田雄
特技監督 増尾昭一
キャラクターデザイン 貞本義行
音楽 鷺巣詩郎
主題歌 宇多田ヒカル
配役
碇シンジ 緒方恵美
綾波レイ 林原めぐみ
葛城ミサト 三石琴乃
碇ゲンドウ 立木文彦
赤木リツコ 山口由里子